Kỳ thi năm 2020 công tác thanh tra, kiểm tra được xác định là khâu quan trọng. Theo Bộ trưởng Phùng Xuân Nhạ, Chính phủ đã chỉ đạo sự tham gia của "ba cấp" thanh tra, kiểm tra gồm Thanh tra của Bộ GD-ĐT, Thanh tra tỉnh và Thanh tra thuộc Sở GD-ĐT. Những cán bộ có năng lực chuyên môn tốt và kinh nghiệm tổ chức thi của các cơ sở giáo dục đại học sẽ tiếp tục được huy động để tham gia công tác thanh tra, kiểm tra kỳ thi theo sự phân công, uỷ nhiệm của Bộ GD-ĐT.
Bộ GD-ĐT cũng tiếp tục ứng dụng mạnh mẽ công nghệ thông tin và truyền thông trong tất cả các khâu của kỳ thi, đặc biệt là giám sát bảo đảm an toàn, bảo mật trong công tác đề thi, bảo quản bài thi, tổ chức chấm thi, công bố kết quả,...
Về công tác xét tuyển sinh đại học, cao đẳng, các trường tiếp tục được tăng cường tự chủ, bảo đảm việc tuyển sinh diễn ra một cách trung thực, khách quan, giảm áp lực, tốn kém đối với thí sinh, gia đình và xã hội.
Theo đó, các trường có nhiều phương thức để tuyển sinh như thi tuyển, xét tuyển hoặc kết hợp, với các hình thức đa dạng, chủ động, tuân thủ theo quy chế.
Nếu các trường thực hiện phương thức tổ chức kỳ thi tuyển sinh riêng thì cần đáp ứng các điều kiện đảm bảo chất lượng theo quy chế để kỳ thi diễn ra minh bạch, công bằng, đánh giá được năng lực cốt lõi của người học để có thể theo học ở bậc đại học.
Nếu các trường sử dụng kết quả thi tốt nghiệp THPT để xét tuyển theo các tổ hợp thì có trách nhiệm giải trình về căn cứ xây dựng tổ hợp phù hợp với yêu cầu của ngành nghề đào tạo.